pestifer package

Subpackages

• pestifer.charmmff package
  • Subpackages
    • pestifer.charmmff.ligand_paramgen package
      • LigandProtonationError
      • RCSBLookupError
      • fetch_ligand_smiles()
      • protonate_ligand()
      • Submodules
  • Submodules
    • pestifer.charmmff.charmmffcontent module
      • CHARMMFFContent
      • CHARMMFFResiTopCollection
      • CHARMMFFStreamID
      • charmmff_version_key()
      • extract_mass_lines()
      • extract_resi_pres_blocks()
      • parse_conditional_script()
    • pestifer.charmmff.charmmffprm module
      • CharmmAngleParam
      • CharmmBondParam
      • CharmmCMAPParam
      • CharmmDihedralParam
      • CharmmImproperParam
      • CharmmNBFixParam
      • CharmmNonbondedParam
      • CharmmParamFile
    • pestifer.charmmff.charmmfftop module
      • CharmmAngle
      • CharmmAngleList
      • CharmmAtom
      • CharmmAtomDict
      • CharmmAtomList
      • CharmmBond
      • CharmmBondList
      • CharmmDelete
      • CharmmDeleteList
      • CharmmDihedral
      • CharmmDihedralList
      • CharmmIC
      • CharmmICList
      • CharmmMass
      • CharmmMassDict
      • CharmmMassList
      • CharmmResi
      • CharmmResiDict
      • CharmmResiList
    • pestifer.charmmff.graphhelpers module
      • anchor_paths()
      • carbon_component_from_neighbor()
      • carbon_neighbors_outside_S()
      • count_unsats_cc()
      • cycle_atoms_heavy()
      • elem()
      • head_tail_pairs()
      • heavy_degree()
      • heavy_neighbors()
      • heavy_only_nodes()
      • is_C()
      • is_H()
      • is_N()
      • is_O()
      • is_P()
      • is_S()
      • label_lipid_chains_heavy_aware()
      • leafs_in()
      • mark_cc_doubles_by_degree()
      • seed_set()
    • pestifer.charmmff.make_pdb_collection module
      • do_cleanup()
      • do_psfgen()
      • do_resi()
      • make_pdb_collection()
    • pestifer.charmmff.pdbrepository module
      • PDBCollection
      • PDBCollectionDict
      • PDBInput
      • PDBInputDict
      • PDBRepository
• pestifer.cli package
  • Submodules
    • pestifer.cli.pestifer module
      • NiceHelpFormatter
      • cli()
    • pestifer.cli.subcommand module
      • Subcommand
• pestifer.core package
  • Submodules
    • pestifer.core.artifacts module
      • Artifact
      • ArtifactDict
      • ArtifactList
      • CIFFileArtifact
      • CSVDataFileArtifact
      • CSVDataFileArtifactList
      • CharmmffFileArtifact
      • CharmmffFileArtifactList
      • CharmmffParFileArtifact
      • CharmmffParFileArtifacts
      • CharmmffStreamFileArtifact
      • CharmmffStreamFileArtifacts
      • CharmmffTopFileArtifact
      • CharmmffTopFileArtifacts
      • DataArtifact
      • DataFileArtifact
      • DataFileArtifactList
      • FileArtifact
      • FileArtifactDict
      • FileArtifactList
      • InputFileArtifact
      • JSONFileArtifact
      • LogFileArtifact
      • LogFileArtifactList
      • NAMDColvarsConfigArtifact
      • NAMDColvarsStateArtifact
      • NAMDColvarsTrajectoryArtifact
      • NAMDConfigFileArtifact
      • NAMDCoorFileArtifact
      • NAMDCoorFileArtifactList
      • NAMDDcdFileArtifact
      • NAMDExtraBondsFileArtifact
      • NAMDLogFileArtifact
      • NAMDLogFileArtifactList
      • NAMDOutputFileArtifact
      • NAMDOutputFileArtifactList
      • NAMDVelFileArtifact
      • NAMDXscFileArtifact
      • NAMDXstFileArtifact
      • PDBFileArtifact
      • PDBFileArtifactList
      • PNGImageFileArtifact
      • PNGImageFileArtifactList
      • PQRFileArtifact
      • PSFFileArtifact
      • PSFFileArtifactList
      • PackMolPDBForcedFileArtifact
      • PackmolInputScriptArtifact
      • PackmolLogFileArtifact
      • PsfgenInputScriptArtifact
      • PsfgenLogFileArtifact
      • StateArtifacts
      • TXTFileArtifact
      • TclScriptArtifact
      • VMDLogFileArtifact
      • VMDScriptArtifact
      • YAMLFileArtifact
    • pestifer.core.baseobj module
      • BaseObj
      • BaseObjList
      • GenericListMeta
    • pestifer.core.command module
      • Command
    • pestifer.core.config module
      • Config
    • pestifer.core.controller module
      • Controller
    • pestifer.core.errors module
      • PestiferBuildError
      • PestiferError
    • pestifer.core.example module
      • Example
      • ExampleList
    • pestifer.core.examplemanager module
      • ExampleManager
    • pestifer.core.labels module
      • LabelMappers
      • Labels
    • pestifer.core.objmanager module
      • ObjManager
    • pestifer.core.pipeline module
      • PipelineContext
    • pestifer.core.resourcemanager module
      • ResourceManager
      • USER_TOPPAR_DIR
• pestifer.logparsers package
  • Submodules
    • pestifer.logparsers.logparser module
      • LogParser
      • VMDLogParser
      • get_single()
      • get_toeol()
      • get_toflag()
      • get_tokens()
      • get_values()
    • pestifer.logparsers.namdlogparser module
      • NAMDLogParser
      • NAMDxstParser
      • subcommand_follow_namd_log()
    • pestifer.logparsers.packmollogparser module
      • PackmolLogParser
    • pestifer.logparsers.pdb2pqrlogparser module
      • PDB2PQRLogParser
    • pestifer.logparsers.psfgenlogparser module
      • PsfgenLogParser
• pestifer.molecule package
  • Submodules
    • pestifer.molecule.asymmetricunit module
      • AsymmetricUnit
    • pestifer.molecule.atom module
      • Atom
      • AtomList
      • Hetatm
    • pestifer.molecule.bilayer module
      • Bilayer
      • BilayerSpecString
      • orthohexagonal_cell()
      • orthohexagonal_patch()
      • specstrings_builddict()
      • squareish_lattice()
    • pestifer.molecule.bioassemb module
      • BioAssemb
      • BioAssembList
    • pestifer.molecule.chainidmanager module
      • ChainIDManager
    • pestifer.molecule.molecule module
      • Molecule
    • pestifer.molecule.residue module
      • Residue
      • ResidueList
      • ResiduePlaceholder
      • ResiduePlaceholderList
    • pestifer.molecule.segment module
      • Segment
      • SegmentList
    • pestifer.molecule.stateinterval module
      • StateInterval
      • StateIntervalList
    • pestifer.molecule.transform module
      • Transform
      • TransformList
• pestifer.objs package
  • Submodules
    • pestifer.objs.align module
      • Align
      • AlignList
    • pestifer.objs.cfusion module
      • Cfusion
      • CfusionList
    • pestifer.objs.cleavagesite module
      • CleavageSite
      • CleavageSiteList
    • pestifer.objs.crot module
      • Crot
      • CrotList
    • pestifer.objs.deletion module
      • Deletion
      • DeletionList
    • pestifer.objs.graft module
      • Graft
      • GraftList
    • pestifer.objs.insertion module
      • Insertion
      • InsertionList
    • pestifer.objs.link module
      • Link
      • LinkList
      • ic_reference_closest()
    • pestifer.objs.mutation module
      • Mutation
      • MutationList
    • pestifer.objs.orient module
      • Orient
      • OrientList
    • pestifer.objs.patch module
      • Patch
      • PatchList
    • pestifer.objs.resid module
      • ResID
      • ResIDList
    • pestifer.objs.rottrans module
      • RotTrans
      • RotTransList
    • pestifer.objs.seqadv module
      • Seqadv
      • SeqadvList
    • pestifer.objs.ssbond module
      • SSBond
      • SSBondList
    • pestifer.objs.ssbonddelete module
      • SSBondDelete
      • SSBondDeleteList
    • pestifer.objs.substitution module
      • Substitution
      • SubstitutionList
    • pestifer.objs.ter module
      • Ter
      • TerList
    • pestifer.objs.transfer_coords module
      • TransferCoords
      • TransferCoordsList
• pestifer.psfutil package
  • Submodules
    • pestifer.psfutil.psfangle module
      • PSFAngle
      • PSFAngleList
    • pestifer.psfutil.psfatom module
      • PSFAtom
      • PSFAtomList
    • pestifer.psfutil.psfbond module
      • PSFBond
      • PSFBondList
    • pestifer.psfutil.psfcontents module
      • PSFContents
      • PSFResidue
      • PSFResidueList
      • PSFSegment
      • PSFSegmentList
      • get_toppar_from_psf()
    • pestifer.psfutil.psfdihedral module
      • PSFDihedral
      • PSFDihedralList
    • pestifer.psfutil.psfpairex module
      • PSFPairEx
      • PSFPairExList
    • pestifer.psfutil.psfpatch module
      • PSFDISUPatch
      • PSFLinkPatch
    • pestifer.psfutil.psfremark module
      • PSFPatchRemark
      • PSFPatchRemarkList
      • PSFRemark
      • PSFRemarkList
      • PSFSegmentRemark
      • PSFSegmentRemarkList
      • PSFTopoRemark
      • PSFTopoRemarkList
    • pestifer.psfutil.psfring module
      • PSFRing
      • RingList
      • ring_check()
    • pestifer.psfutil.psftopoelement module
      • LineList
      • PSFTopoElement
      • PSFTopoElementList
• pestifer.resources package
• pestifer.schema package
• pestifer.scripters package
  • Submodules
    • pestifer.scripters.generic module
      • GenericScripter
    • pestifer.scripters.namd module
      • NAMDScripter
    • pestifer.scripters.namd_colvar_input module
      • NAMDColvarInputScripter
    • pestifer.scripters.packmol module
      • PackmolScripter
      • check_packmol_version()
      • get_packmol_version()
    • pestifer.scripters.psfgen module
      • PsfgenScripter
    • pestifer.scripters.tcl module
      • TcLScripter
    • pestifer.scripters.vmd module
      • VMDScripter
• pestifer.sphinxext package
  • Submodules
    • pestifer.sphinxext.sphinx_examplemanager module
      • SphinxExampleManager
    • pestifer.sphinxext.task_table module
      • TaskTableDirective
    • pestifer.sphinxext.tclscript module
      • TclScriptDirective
    • pestifer.sphinxext.toctree_util module
      • detect_common_prefix()
      • find_toctree_block()
      • get_name_from_toctree()
      • get_num_entries_in_toctree()
      • modify_entries()
      • modify_toctree()
      • parse_toctree_entries()
      • read_rst_file()
      • reconstruct_toctree_block()
      • write_rst_file()
• pestifer.subcommands package
  • Submodules
    • pestifer.subcommands.build module
      • RunSubcommand
    • pestifer.subcommands.build_example module
      • RunExampleSubcommand
    • pestifer.subcommands.config_default module
      • ConfigDefaultSubcommand
    • pestifer.subcommands.config_help module
      • ConfigHelpSubcommand
    • pestifer.subcommands.desolvate module
      • Example:
      • DesolvateSubcommand
    • pestifer.subcommands.fetch_example module
      • FetchExampleSubcommand
    • pestifer.subcommands.follow_namd_log module
      • FollowNAMDLogSubcommand
    • pestifer.subcommands.make_ligand_mol2 module
      • MakeLigandMol2Subcommand
    • pestifer.subcommands.make_namd_restart module
      • MakeNAMDRestartSubcommand
    • pestifer.subcommands.make_pdbcollection module
      • MakePDBCollectionSubcommand
    • pestifer.subcommands.mdplot module
      • MDPlotSubcommand
    • pestifer.subcommands.modify_package module
      • ModifyPackageSubcommand
    • pestifer.subcommands.new_system module
      • NewSystemSubcommand
    • pestifer.subcommands.rebuild_charmmff_cache module
      • RebuildCHARMMFFCache
    • pestifer.subcommands.setup_vmd module
      • SetupVMDSubcommand
    • pestifer.subcommands.show_resources module
      • ShowResourcesSubcommand
    • pestifer.subcommands.wheretcl module
      • WhereTCLSubcommand
• pestifer.tasks package
  • Submodules
    • pestifer.tasks.basetask module
      • BaseTask
      • VMDTask
    • pestifer.tasks.cleave module
      • CleaveTask
    • pestifer.tasks.continuation module
      • ContinuationTask
    • pestifer.tasks.desolvate module
      • DesolvateTask
    • pestifer.tasks.domainswap module
      • DomainSwapTask
    • pestifer.tasks.fetch module
      • FetchTask
    • pestifer.tasks.ligate module
      • LigateTask
    • pestifer.tasks.make_membrane_system module
      • MakeMembraneSystemTask
    • pestifer.tasks.manipulate module
      • ManipulateTask
    • pestifer.tasks.mdplot module
      • MDPlotTask
    • pestifer.tasks.mdtask module
      • MDTask
    • pestifer.tasks.merge module
      • MergeTask
    • pestifer.tasks.pdb2pqr module
      • PDB2PQRTask
    • pestifer.tasks.psfgen module
      • PsfgenTask
    • pestifer.tasks.pytest_buildterminate module
      • Pytest_BuildTerminateTask
    • pestifer.tasks.ringcheck module
      • RingCheckTask
    • pestifer.tasks.solvate module
      • SolvateTask
    • pestifer.tasks.taskcollections module
      • TaskDict
      • TaskList
    • pestifer.tasks.terminate module
      • TerminateTask
    • pestifer.tasks.validate module
      • AttributeTest
      • ConnectionTest
      • ResidueTest
      • ValidateTask
• pestifer.util package
  • Submodules
    • pestifer.util.cacheable_object module
      • CacheableObject
      • TarBytesFS
    • pestifer.util.cifutil module
      • CIFdict
      • CIFload()
    • pestifer.util.colors module
      • PestiferColorMap
    • pestifer.util.coord module
      • build_tmat()
      • coorddf_from_pdb()
      • lawofcos()
      • measure_dihedral()
      • mic_shift()
      • positionN()
    • pestifer.util.formatvalidator module
      • FormatValidator
      • extract_from_format()
      • validate_format()
    • pestifer.util.gitutil module
      • get_git_origin_url()
    • pestifer.util.linkcell module
      • Linkcell
    • pestifer.util.namdrestart module
      • NAMDConfig
      • make_namd_restart_subcommand()
    • pestifer.util.patch module
      • PatchApplyError
      • apply_unified_diff()
    • pestifer.util.progress module
      • NAMDProgress
      • PDB2PQRProgress
      • PackmolProgress
      • PestiferProgress
      • PsfgenProgress
    • pestifer.util.pytest_plugin module
      • pytest_addoption()
      • pytest_configure()
    • pestifer.util.readme_to_changelog_with_dates module
      • extract_changelog_from_readme()
      • get_git_tag_dates()
      • get_pypi_release_dates()
    • pestifer.util.spinner_wrapper module
      • with_spinner()
    • pestifer.util.stringthings module
      • ByteCollector
      • FileCollector
      • banner()
      • example_footer()
      • linesplit()
      • my_logger()
      • oxford()
      • parse_filter_expression()
      • plu()
      • raise_clean()
      • striplist()
      • to_latex_math()
    • pestifer.util.units module
      • cuA_of_nmolec()
      • nmolec_in_cuA()
    • pestifer.util.util module
      • cell_from_xsc()
      • cell_to_xsc()
      • countTime()
      • flatten()
      • hms()
      • hmsf()
      • is_periodic()
      • protect_str_arg()
      • reduce_intlist()
      • remove_argument()
      • replace()
      • running_under_pytest()
      • tarball_walk()
      • write_residue_map()