pestifer.logparsers package

Submodules

• pestifer.logparsers.logparser module
  • LogParser
    • LogParser.dump()
    • LogParser.enable_progress_bar()
    • LogParser.follow()
    • LogParser.measure_progress()
    • LogParser.static()
    • LogParser.success()
    • LogParser.update()
    • LogParser.update_progress_bar()
  • VMDLogParser
    • VMDLogParser.collect_validation_results()
    • VMDLogParser.from_file()
  • get_single()
  • get_toeol()
  • get_toflag()
  • get_tokens()
  • get_values()
• pestifer.logparsers.namdlogparser module
  • NAMDLogParser
    • NAMDLogParser.bail_out_key
    • NAMDLogParser.default_etitle_npt
    • NAMDLogParser.default_etitle_nvt
    • NAMDLogParser.energy_key
    • NAMDLogParser.etitle_key
    • NAMDLogParser.finalize()
    • NAMDLogParser.from_file()
    • NAMDLogParser.info_key
    • NAMDLogParser.measure_progress()
    • NAMDLogParser.performance_key
    • NAMDLogParser.pressureprofile_key
    • NAMDLogParser.process_energy_line()
    • NAMDLogParser.process_energy_title()
    • NAMDLogParser.process_info_line()
    • NAMDLogParser.process_line()
    • NAMDLogParser.process_performance_line()
    • NAMDLogParser.process_pressureprofile_line()
    • NAMDLogParser.process_restart_line()
    • NAMDLogParser.process_struct_summ_datum()
    • NAMDLogParser.process_tcl_line()
    • NAMDLogParser.process_timing_line()
    • NAMDLogParser.process_wallclock_line()
    • NAMDLogParser.restart_key
    • NAMDLogParser.static()
    • NAMDLogParser.struct_sep
    • NAMDLogParser.success()
    • NAMDLogParser.tcl_key
    • NAMDLogParser.timing_key
    • NAMDLogParser.update()
    • NAMDLogParser.wallclock_key
    • NAMDLogParser.write_csv()
  • NAMDxstParser
    • NAMDxstParser.dataframe
    • NAMDxstParser.from_file()
  • subcommand_follow_namd_log()
• pestifer.logparsers.packmollogparser module
  • PackmolLogParser
    • PackmolLogParser.banner_separator
    • PackmolLogParser.finalize()
    • PackmolLogParser.measure_progress()
    • PackmolLogParser.process_banner()
    • PackmolLogParser.process_gencan_report()
    • PackmolLogParser.process_gencan_success()
    • PackmolLogParser.process_header()
    • PackmolLogParser.process_molecule_report()
    • PackmolLogParser.process_moving_worst_molecules()
    • PackmolLogParser.process_section()
    • PackmolLogParser.section_separator
    • PackmolLogParser.update()
• pestifer.logparsers.pdb2pqrlogparser module
  • PDB2PQRLogParser
    • PDB2PQRLogParser.finalize()
    • PDB2PQRLogParser.process_section()
    • PDB2PQRLogParser.process_summary()
    • PDB2PQRLogParser.section_separator
    • PDB2PQRLogParser.update()
• pestifer.logparsers.psfgenlogparser module
  • PsfgenLogParser
    • PsfgenLogParser.info_keys
    • PsfgenLogParser.process_info_line()
    • PsfgenLogParser.process_line()
    • PsfgenLogParser.process_psfgen_line()
    • PsfgenLogParser.psfgen_key
    • PsfgenLogParser.success()
    • PsfgenLogParser.update()