pestifer.scripters package

This subpackage defines several scripters for writing different types of input files used by pestifer. All scripters used in pestifer are subclasses of pestifer.scripters.generic.GenericScripter.

        graph TD;
  GenericScripter --> TcLScripter;
  GenericScripter --> NAMDColvarInputScripter;
  GenericScripter --> PackmolScripter;
  TcLScripter --> VMDScripter;
  TcLScripter --> NAMDScripter;
  VMDScripter --> PsfgenScripter;
    

Scripter dependencies.

Submodules

• pestifer.scripters.generic module
  • GenericScripter
    • GenericScripter.addline()
    • GenericScripter.banner()
    • GenericScripter.comment()
    • GenericScripter.has_statement()
    • GenericScripter.ingest_file()
    • GenericScripter.newfile()
    • GenericScripter.writefile()
• pestifer.scripters.namd module
  • NAMDScripter
    • NAMDScripter.consolidate_params()
    • NAMDScripter.fetch_standard_charmm_parameters()
    • NAMDScripter.newscript()
    • NAMDScripter.runscript()
    • NAMDScripter.writescript()
• pestifer.scripters.namd_colvar_input module
  • NAMDColvarInputScripter
    • NAMDColvarInputScripter.construct_on_pdb()
    • NAMDColvarInputScripter.declare_distance_cv()
    • NAMDColvarInputScripter.declare_distance_cv_atoms()
    • NAMDColvarInputScripter.declare_harmonic_distance_biases()
    • NAMDColvarInputScripter.declare_single_harmonic_distance_bias()
• pestifer.scripters.packmol module
  • PackmolScripter
    • PackmolScripter.log_error_patterns
    • PackmolScripter.newscript()
    • PackmolScripter.runscript()
    • PackmolScripter.writescript()
  • check_packmol_version()
  • get_packmol_version()
• pestifer.scripters.psfgen module
  • PsfgenScripter
    • PsfgenScripter.addpostregenerateline()
    • PsfgenScripter.describe_molecule()
    • PsfgenScripter.fetch_standard_charmm_topologies()
    • PsfgenScripter.load_project()
    • PsfgenScripter.newscript()
    • PsfgenScripter.runscript()
    • PsfgenScripter.write_cfusion_insegment()
    • PsfgenScripter.write_cfusion_postsegment()
    • PsfgenScripter.write_cfusion_presegment()
    • PsfgenScripter.write_generic_stanza()
    • PsfgenScripter.write_glycan_stanza()
    • PsfgenScripter.write_graft_presegment()
    • PsfgenScripter.write_link()
    • PsfgenScripter.write_links()
    • PsfgenScripter.write_mol_tcl()
    • PsfgenScripter.write_mutation()
    • PsfgenScripter.write_mutations()
    • PsfgenScripter.write_nucleicacid_stanza()
    • PsfgenScripter.write_polymer_stanza()
    • PsfgenScripter.write_segment()
    • PsfgenScripter.write_segments()
    • PsfgenScripter.write_ssbond()
    • PsfgenScripter.write_ssbonds()
    • PsfgenScripter.writescript()
• pestifer.scripters.tcl module
  • TcLScripter
    • TcLScripter.addfile()
    • TcLScripter.newscript()
    • TcLScripter.writescript()
• pestifer.scripters.vmd module
  • VMDScripter
    • VMDScripter.backup_selection()
    • VMDScripter.cleanup()
    • VMDScripter.load_psf_pdb()
    • VMDScripter.newscript()
    • VMDScripter.restore_selection()
    • VMDScripter.runscript()
    • VMDScripter.set_molecule()
    • VMDScripter.usescript()
    • VMDScripter.write_align()
    • VMDScripter.write_crot()
    • VMDScripter.write_crots()
    • VMDScripter.write_orient()
    • VMDScripter.write_orients()
    • VMDScripter.write_pdb()
    • VMDScripter.write_protein_loop_lines()
    • VMDScripter.write_rottrans()
    • VMDScripter.write_rottranslist()
    • VMDScripter.write_transfer_coords()
    • VMDScripter.writescript()